Hi，大家好，我是编程小6，很荣幸遇见你，我把这些年在开发过程中遇到的问题或想法写出来，今天说一说MD学习网站汇总【自用】「建议收藏」,希望能够帮助你!!!。

packmol

官网入口 Packmol - Initial configurations for Molecular Dynamics (unicamp.br)

分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用 分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)

输入文件关键词 http://m3g.iqm.unicamp.br/packmol/userguide.shtml#basic

moltemplate

入门教程 分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)

msi2lmp

使用方法

Material Studio建模文件转LAMMPS data | LAMMPS教程Material Studio建模文件转LAMMPS data | LAMMPS教程

msi2lmp.exe <ROOTNAME> {-print #} {-class #} {-frc FRC_FILE} {-ignore} {-nocenter} {-shift # # #}

— <ROOTNAME>写自己的.car文件以及.mdf文件名，两类型文件名字一般是一致的

— -print == -p【0 只输出错误信息，1 最小输出（默认）2 冗长输出（通常用于开发和检查新数据文件的一致性），3 更详细输出（额外的debug信息）】

— -class == -c【I 或者1 = 第一代力场，如CVFF，O或者0 = OPLS-AA，II 或者2 = 第二代力场，如CFFx，pcff），默认为-class I】

— -frc 力场的文件名，lammps自带的力场直接调用就行。eg：-frc cvff

所生成的文件名为 <ROOTNAME>.data

问题

1. Unable to find... data  https://www.shehunotes.cn/?p=226

2. 出现多余原子 https://www.shehunotes.cn/?p=166

工具

杂

1. 约化单位转换 关于约化单位 | LAMMPS教程